Конфедерации труда России (КТР) была создана на учредительном съезде в Москве 12 апреля 1995 года. В создании КТР приняли участие практически все крупнейшие независимые профсоюзы, возникшие в конце 1980-х — начале 1990-х годов, в том числе на волне массовых забастовок тех лет, — профсоюзы горняков, авиационных диспетчеров, моряков, пилотов гражданской авиации, железнодорожников. Эти профсоюзы не были связаны с советскими государственными профсоюзами системы ВЦСПС и в своей деятельности опирались на принципы внутренней демократии, самоуправления, независимости при выработке своих решений от государства и работодателей.

Однако вскоре после учреждения КТР в связи с возникшими разногласиями по вопросам развития и организационного устройства конфедерации из нее вышли ряд профсоюзов, создавшие Всероссийскую конфедерацию труда (ВКТ). Основу Конфедерации труда России составили организации транспортников, а основу Всероссийской конфедерации труда — производственные профсоюзы. Вместе с тем, на протяжении многих лет Конфедерация труда России и Всероссийская конфедерация труда, сохраняя организационную независимость, поддерживала близкие партнерские отношения, координируя действия и выступая совместно инициаторами профсоюзных акций и кампаний. ВКТ и КТР осуществляли координацию в рамках Российской трехсторонней комиссии, в которой были представлены обе конфедерации, активно велось сотрудничество на международном уровне — в частности, в рамках Международной организации труда. В ноябре 2000 года ВКТ и КТР были приняты в состав Международной конфедерации свободных профсоюзов, а после ее объединения со Всемирной конфедерацией труда в 2006 году обе российские организации стали членскими организациями — учредителями Международной конфедерации профсоюзов.

В 2000-е и начале 2010-х годов начали массово формироваться новые независимые профсоюзы на предприятиях транснациональных компаний в секторах автомобилестроения, пищевой промышленности, в сферах образования и здравоохранения. Эти организации позже составили основу Межрегионального профсоюза работников автомобильной промышленности (МПРА, позже стал называться Межрегиональный профсоюз «Рабочая ассоциация»), Межрегионального профсоюза «Новые профсоюзы» («Новопроф»), Профсоюза работников здравоохранения «Действие», межрегиональных профсоюзов «Учитель» и «Университетская солидарность». Активная борьба и коллективные действиях работников в этих секторах дали новый импульс независимому российскому профсоюзному движению, которое стало консолидироваться вокруг Всероссийской конфедерации труда и Конфедерации труда России. Две конфедерации стали безусловными центрами независимого профсоюзного движения, являясь хранителями демократических рабочих традиций.

Процесс непосредственного объединения двух российских профсоюзных центров был запущен во второй половине 2000-х годов. Съезды ВКТ в ноябре 2008 года и КТР в апреле 2009 года приняли решения об объединении двух конфедераций. На совместном заседании Советов КТР и ВКТ в мае 2009 года был создан оргкомитет объединительного съезда. К объединительному процессу вскоре присоединились и другие российские независимые профсоюзы и профсоюзные объединения. 27 мая 2011 года в Москве состоялся внеочередной объединительный съезд КТР, который подытожил объединение в рамках конфедерации свободных профсоюзов и профсоюзных объединений России. В настоящее время Конфедерация труда России объединяет большинство действующих в России независимых профсоюзов, представляющих работников различных секторов экономики.

Подробнее об истории российского профсоюзного движения и Конфедерации труда России можно прочитать в изданиях:
Век солидарности. Российские профсоюзы 1905-2015,
Конфедерация труда России. История становления и борьбы и
Рабочее и профсоюзное движение в России. Из прошлого в будущее